L’abdication de Nicolas II fut un grand choc pour Mère Elisabeth. Son coeur était ébranlé, elle ne pouvait pas en parler sans pleurer. Elle voyait vers quel abîme s'avançait la Russie. Elle pleura amèrement sur le peuple russe. Dans les lettres qu'elle écrivait à cette époque, elle partageait sa souffrance: «J'éprouve une pitié profonde pour la Russie et pour ses enfants qui ne savent pas ce qu'ils font. N'aimons-nous pas cent fois plus un enfant lorsqu'il est malade que lorsqu'il est en bonne santé? Nous voudrions I'aider à supporter sa souffrance et devons orienter nos pensées vers le Royaume de Dieu et dire avec soumission... «Que Та Volonté soit faite»...

Avec le temps, le désarroi grandit, la révolution grondait. Les ténèbres recouvrirent peu à peu la Russie...

Le 1er Mars 1917, une foule hurlante et menaçante se dirigea vers le couvent de «Marthe et Marie». Mère Elisabeth marcha au devant des assaillants pour leur demander ce qu'ils voulaient.

A I'étonnement de tout le monde, les soeurs de la communauté de «Marthe et Marie» continuèrent à vivre librement pendant une année encore.

En 1918, le Mardi du Renouveau (mardi après Pâques), pendant un office célébré par le Père Tikhon, les Bolcheviks vinrent arrêter Mère Elisabeth. Elle partit avec Soeur Barbara et Soeur Catherine rejoindre la famille du Tsar à Ekaterinenbourg où elles furent placées dans un couvent et où elles purent participer aux offices.

Le 20 Mai, Mère Elisabeth et Soeur Barbara, son accompagnatrice, furent transférées dans un bourg voisin à Alopaïevsk avec les Romanov, le prince Vladimir Palei ainsi que le grand Prince Serge et son secrétaire Feodor, les princes Jean et Constantin. Toutefois, Mère Elisabeth n'avait pas perdu sa fermeté d'esprit et adressait de temps en temps des paroles de réconfort à ses soeurs de Moscou.

Dans la nuit du 18 juillet, Mère Elisabeth, Soeur Barbara et les prisonniers furent emmenés dans une ancienne mine abandonnée, à 12 km d'Alopaïevsk à Nizhniaya Selinskaia. Le grand Prince fut fusillé et les autres furent précipités, les yeux bandés, dans la mine profonde de soixante mètres et bombardés de projectiles et de grenades. Les corps de Mère Elisabeth et du Prince Jean furent retrouvés sur une petite corniche à 16 mètres de profondeur. Jusqu'à la dernière minute, Mère Elisabeth, blessée, soigna le prince Jean avec des moyens de fortune.

Mère Elisabeth n'est pas morte tout de suite. Des paysans entendirent des chants mystérieux qui provenaient des antres de la terre. C'était elle qui chantait des hymnes funèbres et des cantiques de louange pour le repos de l'âme de ses compagnons. Puis elle s'est tue pour laisser chanter les Anges.

En 1920, de par l’amour qu’elle avait manifesté pour la Terre Sainte, ses restes et ceux de soeur Barbara furent transférés à Jérusalem et placés dans la crypte de I'Eglise Sainte Marie-Madeleine à I'endroit où Notre Sauveur avait souffert et agonisé pour l'humanité.

En 1981, les deux moniales reçurent la couronne du martyre et leurs reliques furent placées dans la section principale de I'église où elles reposent encore aujourd'hui dans un cercueil en marbre.